UniS-Biotech Vietnam

Primer3 gần đây đã được nâng cấp về giao diện và bổ sung thêm một số tính năng mới . Thông tin chi tiết về chương trình này được trình bày trong bài báo được công bố trên  Nucleic Acids Research  (impact factor:  8.026 ) năm 2012 với tiêu đề  Primer3-new capabilities and interfaces   bởi nhóm tác giả   tại Đại học  Heidelberg (Germany) và Duke-NUS Graduate Medical  School (Singapore) . Bài báo được cung cấp dưới dạng Open Access, các bạn có thể download miễn phí tại đây:  http://nar.oxfordjournals.org/content/40/15/e115.long Do Primer3 là chương trình mã nguồn mở nên nó có thể được chỉnh sửa về giao diện hoặc tích hợp vào nhiều phần mềm khác nhau. Trong phần 2 của chủ đề này tôi sẽ giới thiệu với các bạn giao diện mới của chương trình  Primer3plus  với những thông số mặc định phần nào đã tối ưu cho thiết kế primer. Giao diện của  Primer3 : Giao diện nền web:  Primer3  ( version 0.4.0 ) tại địa chỉ:  http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/ Giao diện nền web:  Primer3 web   ( versi

Primer3  là chương trình được sử dụng phổ biến để thiết kế mồi (primer) cho phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction).  Đây là chương trình mã nguồn mở, do Steve Rozen and Helen Skaletsky phát triển tại Whitehead Institute và Howard Hughes Medical Institute, USA. Vì PCR được sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau nên  Primer3  có nhiều các thông số mà bạn có thể điều chỉnh để tạo ra những primer tốt nhất cho mục đích của bạn.  Sau  đây là giao diện của chương trình  Primer3  ( http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/ ) 1. PCR thông thường Trong phần này các bạn làm quen với chương trình Primer3 một cách đơn giản nhất thông qua ví dụ nấm sợi Aspergillus oryzae  dùng trong sản xuất tương truyền thống ở nước ta được chuyển gene phát huỳnh quang GFP (green fluorescent protein) thông qua vi khuẩn  Agrobacterium tumefaciens . Khi nấm đã có khả năng phát sáng  huỳnh quang  dưới kính hiển vi, bạn muốn thiết kế cặp mồi (primer pair) đặc hiệu cho gene GFP để xác nhận sự có mặt của gene