Primer3 gần đây đã được nâng cấp về giao diện và bổ sung thêm một số tính năng mới . Thông tin chi tiết về chương trình này được trình bày trong bài báo được công bố trên Nucleic Acids Research (impact factor: 8.026 ) năm 2012 với tiêu đề Primer3-new capabilities and interfaces bởi nhóm tác giả tại Đại học Heidelberg (Germany) và Duke-NUS Graduate Medical School (Singapore) . Bài báo được cung cấp dưới dạng Open Access, các bạn có thể download miễn phí tại đây: http://nar.oxfordjournals.org/content/40/15/e115.long Do Primer3 là chương trình mã nguồn mở nên nó có thể được chỉnh sửa về giao diện hoặc tích hợp vào nhiều phần mềm khác nhau. Trong phần 2 của chủ đề này tôi sẽ giới thiệu với các bạn giao diện mới của chương trình Primer3plus với những thông số mặc định phần nào đã tối ưu cho thiết kế primer. Giao diện của Primer3 : Giao diện nền web: Primer3 ( version 0.4.0 ) tại địa chỉ: http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/ Giao diện nền web: Primer3 web ( versi
Primer3 là chương trình được sử dụng phổ biến để thiết kế mồi (primer) cho phản ứng PCR (Polymerase Chain Reaction). Đây là chương trình mã nguồn mở, do Steve Rozen and Helen Skaletsky phát triển tại Whitehead Institute và Howard Hughes Medical Institute, USA. Vì PCR được sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau nên Primer3 có nhiều các thông số mà bạn có thể điều chỉnh để tạo ra những primer tốt nhất cho mục đích của bạn. Sau đây là giao diện của chương trình Primer3 ( http://bioinfo.ut.ee/primer3-0.4.0/ ) 1. PCR thông thường Trong phần này các bạn làm quen với chương trình Primer3 một cách đơn giản nhất thông qua ví dụ nấm sợi Aspergillus oryzae dùng trong sản xuất tương truyền thống ở nước ta được chuyển gene phát huỳnh quang GFP (green fluorescent protein) thông qua vi khuẩn Agrobacterium tumefaciens . Khi nấm đã có khả năng phát sáng huỳnh quang dưới kính hiển vi, bạn muốn thiết kế cặp mồi (primer pair) đặc hiệu cho gene GFP để xác nhận sự có mặt của gene